天朝的变乱直接影响了战局，为湘军“突出重围”创造了机会。死于内讧的数万太平军将士中，既有功勋卓著、能征惯战的大将，更多则是从广西跟出来的“老兄弟们”，是太平军的精锐。石达开率部出走，使太平天国少了一位智勇双全、德高望重的翼王，也使曾国藩和湘军失去了最为惧怕的对手。石达开率所部10多万人独立行动后，再也没有发挥出他那杰出的军事天才，始终没有打开局面，最后在四川大渡河畔兵败被杀。就在天京变乱的当年年底，胡林翼率湘军重占了武昌；就在石达开率军出走的当月月底，江西湘军攻陷湖口，内湖水师得以冲出鄱阳湖与外江水师会合。1858年5月19日，李续宾督率湘军攻克九江，林启荣与17000余名守城将士全部战死，江西战场的主动权落入湘军手中。
如果把太平军与湘军的争战分为三个时期的话，前期的争夺围绕着九江，中期的争夺围绕着安庆，后期的争夺则是围绕着天京。三座城市，沿着长江自上而下，恰好印证着曾国藩所提出的“踞上游之势”破竹而下的战略设想。曾国藩设计虽妙，太平军斗志更坚，每一次争夺战都让湘军付出了惨重的代价，而每一次最后的失败又都是由于太平天国的战略性失误帮了湘军的忙。安庆之战尤其如此。
天国后期的战略方向始终未能统一，从而导致了军事决策上的犹豫不定和朝令夕改。忠王李秀成和英王陈玉成是天王军事上的左膀右臂，陈玉成一直主张集中力量解安庆之围，遏制湘军在上游的攻势；李秀成则主张先进攻苏州、杭州、上海，等到东南的战局稳定之后再回师西援。1860年9月下旬，天国才意识到形势的严峻，组织各路太平军进行第二次大规模的西征。如果太平军集中主力在皖北战场决战，以部分兵力在外围进行牵制作战，还有希望打破湘军对安庆的包围，但他们在军事行动上却一误再误。李秀成在皖南攻祁门不下，便转道入浙江，又经江西打往湖北，牵延了时日，也错失了消灭曾国藩总部的绝好机会。陈玉成先是试图直接救援安庆，与多隆阿部接战不利后又绕道西进，直扑武汉。这本来是湘军、特别是胡林翼最为担心的(胡当时任湖北巡抚，有守土之责)，但陈玉成在黄州遇到了英国水师提督何伯和参赞巴夏礼，他们声称进攻武汉会妨碍英国的商业利益，警告陈玉成不要这样做。陈玉成便停止了向武汉的进攻，转向鄂北一带作战。这样并不足以牵动湘军回援，对于安庆战局是徒劳的，陈玉成不得不在转战数月后于1861年4月底重新回到安庆集贤关内外，开始直接进攻围城的曾国荃部。这时李秀成已经从江南杀入湖北，进逼武昌，使曾国藩和胡林翼惶惶难安，曾的幕僚赵烈文判断:“李秀成既已至鄂省南境，更进则武昌动摇，安庆之围亦当不攻自解。”可惜李秀成只在鄂省逗留了一段时间，并未继续向武昌进攻。当他听说李世贤部在江西乐平打了败仗、陈玉成则在两个月前从湖北撤退时，便移兵东进杭州经营他的苏福省去了。湘军上下虚惊一场，太平天国解救安庆之围的最后机会已经失去。同年9月，安庆失陷，次年5月，英王陈玉成被俘后牺牲，天国的日子更加艰难了。
1860年以后，清军对太平天国的作战逐渐形成了三个主战场:曾国藩直接领导的西线战场，李鸿章部淮军开辟的苏南战场，左宗棠楚军开辟的浙江战场。这样就从战略上形成了对天京的包围态势。太平军各部只有集中兵力，密切配合，才有希望打破包围、争取主动。可是通观这一时期的作战，太平军留给我们的印象是，一方面内部意见不一致，难以形成统一的战略行动和密切的战役配合；一方面被敌人牵着鼻子走，东征西进，在疲于奔命消耗实力、坐失战机。湘军围攻安庆、打天京，都靠的是一股“极乱时站得定”(罗泽南语)的坚韧，太平军却恰恰缺少这种坚韧。安庆失陷后，太平军已经注定了失败的命运，军事上的一切努力都将是徒劳的，何况天朝的大厦早就被内部生出的蛀虫腐蚀得岌岌可危摇摇欲坠了。
天国之兴，在于得民心，所以才会在北上东进的征程如滚雪球般迅速壮大了队伍，许多生存无计的百姓携家带眷投入天国的怀抱。太平军过境之处，人们莫不怀念，湘军领导人气得大骂“莠民”“兵至为民，贼来从逆”。在江西袁州被湘军围攻时，太平军准备弃城而去，城中绅士竟筹资挽留。历史上，每当压迫到了难以忍受的地步，也就是鲁迅所说的“想为奴隶而不能”的时代，受压迫者都会把希望寄托在新兴的反抗力量身上，满怀热情地讴歌他们，极尽所能地支持他们。可惜事情的发展常常令他们失望，这些新兴的反抗力量往往比旧势力腐败还快、盘剥还烈。真是“兴，百姓苦；亡，百姓苦”！洪秀全写下了《原道觉世训》，颁布了《天朝田亩制度》，却并没有条件也并不想去落实，“天下多男人尽是兄弟之辈，天下多女人尽是姊妹之群”，“无处不均匀，无人不饱暖”，这些话只是说说而已，岂能真正实现？打进南京城时，洪秀全的后宫里就已经有80多位“姊妹之群”了，他的天王府富丽堂皇不让于任何一代骄奢的封建帝王，他的专制独断不弱于任何一个昏聩的前朝皇帝。登上王位后，洪秀全曾一口气做了500多首《天父诗》，其中一句就是“只有臣错无主错”。宣扬人人平等的天国中，有着比历代封建王朝有过之而无不及的森严等级制度，“凡东王、北王、翼王各王驾出，侯丞相轿出，凡朝内军中大小官员兵士如不回避，冒冲仪仗者，斩首不留……凡检点指挥各官轿出，卑小之官兵士，亦照路遇列王规矩，如不回避或不跪道旁者斩首不留。”天朝后期，贪污腐化已经到了无以复加的程度，单是各种大大小小的“王”就封了2700多个。李秀成号称“万古忠义”，同治二年(1863)洪秀全让他拿出10万饷银，他果然能“将合家首饰及银两交十万”，忠王尚且家藏如此巨富，可见建国之初的“圣库”政策已经名存实亡，其他庸碌各王腐化敛财的情况不复可问矣！天朝渐失民心的情况不复问矣！太平天国后期的一首民谣唱道:“太平天国万万年，军师旅帅好买田。卒长司马腰多钱，百姓可怜真可怜。”