秀清是个具有雄才大略的农民起义领袖，不论是指挥战争，还是组织政府，他都有许多建树，为太平天国立下了不朽功勋。但是建都南京后，杨秀清的封建特权恶性膨胀。一到南京，他就建起了高大的王府，三年多的时间，从不出南京城一步，但在城里则为统治一切的全权主宰。所有军国大事仅与东殿尚书侯谦芳、李寿春等一二人计议，严重脱离群众，加之作风极度张扬，每次出门都盛陈仪仗，不知自忌，甚至用代“天父下凡”来惩罚洪秀全，最后更是发展到“逼封万岁”。为了显示特权，杨秀清还设立各种酷刑，如鞭打、枷杖、斩首、五马分尸等，连韦昌辉、秦日纲、黄玉昆等一些高级将领都被他杖责过。杨秀清的骄横，造成他和诸多朝臣的积怨，也导致洪秀全的不满，终于酿成了一场灾难——天京事变：杨秀清及其家属、部下和太平军精兵两万多人被韦昌辉滥杀。天京事变后石达开回到天京，受到天京军民的热烈欢迎，满朝同举石达开提理政务。可洪秀全却对石达开大生疑忌，重用自己的兄弟安福二王，以牵制“翼王”，并有“阴图戕害之意”。在这种情况下，石达开率20万精兵远离天京。经过天京事变、石达开出走，太平天国处于十分困难的境地。虽经陈玉成、李秀成等后期太平天国名将的努力，军事上稍有起色，但终究缺乏回天之力，最后一步一步走向失败。
当然，太平天国失败原因还有很多，比如清政府和外国侵略者互相勾结起来，残酷镇压太平天国等。需要明确的是，太平天国革命虽然失败了，但并不能因此否定它对近代中国所发挥的积极作用。在近代中国，它最早实践了中国人民反帝反封建的历史使命，是中国近代革命史的重要组成部分，它与义和团、辛亥革命等构成了近代中国人民反帝反封建的几个高潮。另外，它主张对外开放、发展本国商业和对外贸易等，这在一定程度上突破了旧式农民战争的局限，客观上对中国近代化进程起了推动作用。