神权左右皇权导致核心矛盾。历代农民起义常有披着宗教外衣，即以神的意志和形式来组织群众发动群众。如张角以太平道为号召，朱元璋信奉白莲教等等。但当这些宗教组织演化成农民起义，特别是建立了农民政权，或农民起义领袖称王称帝之后，一般都放弃宗教组织，专心进行夺取政权或发展革命势力的斗争，如朱元璋称帝之后，立即取缔白莲教，禁止其活动。而洪秀全则在建都南京之后，仍然依赖拜上帝教，教权就成了争权夺利的工具。
洪秀全既是拜上帝教的教主，又是太平天国的天王。作为教主，他虽然享有至高无上的地位，但他却失去替天父、天兄传言的权利。金田起义前，出于革命斗争形势的需要，杨秀清代天父下凡，援救了革命，洪秀全只好加以承认。杨秀清作为天父的代言人，可以随时制约洪秀全。洪秀全作为天王，却没有实际权力。这就使杨秀清的权力过大，造成洪秀全权力不能集中的局面。其实，洪秀全并不是没有解决这个问题的机会。假若在金田起义或永安封王时就取消拜上帝教，一切按新建立的组织行使职能，杨秀清代天父传言的资格就自然消失了，洪秀全作为天王的权力就能集中。由于王权和神权并行，神权实际上又高于王权，而神权又落在大臣杨秀清手中，这就必然造成洪秀全和杨秀清的矛盾，而这两人的矛盾又必然要延伸到其他大臣之中。
天京事变后，由于原先的天兄代言人萧朝贵在长沙牺牲，天父代言人杨秀清又在事变中被韦昌辉所杀。所谓天父、天兄人格化本来就是个骗局，杨秀清被杀更是骗局的暴露，太平天国出现了空前的信仰危机。正如恩格斯指出的：“宗教的第一句话就是谎话；宗教一开头向我们说明某种人的事物的时候，不就把这种事物说成某种超人的、神的事物吗？”(《马克思恩格斯全集》第1版第1卷第648页)洪秀全向教徒灌输的上帝是“无所不在、无所不知、无所不能”的，而今天父代言人被人家袭杀时并没有显示出这些权能，人们自然不会和先前一样，虔诚地去信所谓的皇上帝了。严重的信仰危机，导致分散主义滋生，使太平天国一步一步走向低谷，难有回天之力。
腐败从根本上动摇了太平天国政权的根基。太平天国的腐败是和建都天京同时产生的。尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界，鼓吹凡天下男人皆兄弟、天下女子皆姊妹的平等思想，但他这些从西方基督教教义中捡来的货色，在洪秀全思想中没有深化，也没有消化。洪秀全很难把这些平等思想付诸实践，只能按照封建王朝的等级制度，即《太平礼制》所规定的等级来规定自己所应该享受的待遇和特权。
洪秀全、杨秀清占据南京以后，便以为可以立国，把享受和特权放在首要地位。洪秀全改两江总督府为天王府，尽其奢华营造天王府。天王府城周围十余里，墙高数丈，内外两重，外曰太阳城，内曰金龙城，殿曰金龙殿，苑曰后林苑，雕琢精巧。东王府也是穷极工巧，骋心悦目。在革命尚未成功之时，太平天国的领袖们就大造王府，广选后妃，洪秀全的后妃竟达88人之多。洪秀全、杨秀清住进王宫，作为农民领袖本是司空见惯的通病。问题是天王府不是当作指挥革命战争的中心，而是行使特权的神圣无比的宫殿。朝天门外大书曰：“大小众臣工，到此止行，有诏方准进，否则雪中云。”而在木牌楼上则书有“天子万年”、“太平一统”。一个“止行”诏，洪秀全就把自己和众位大臣隔开了。当年同生死共患难的杨秀清、韦昌辉、石达开等都不能随意出入天王府。昔日的兄弟今日的丞相们，临朝时，也只好站在朝门外列队，对洪秀全不能仰视，否则就有杀身之祸。洪秀全俨然已成为“一人垂拱于上，万民咸归于下”的封建皇帝。